本书在出版当年就获得了不错的销量，从出版社获悉打算再次出版，因此开始对第一版做出了改版计划，对第一版内容进行优化组合，删减了几个不常用案例（包括第8章的Wine实战之Linux用网银、常见问题速查以及制作自己的Live CD的内容）。增加了140页新内容，第1章新增了构建大型网站方法、基于开源WAF的使用方法、Web漏洞扫描工具的使用、基于PHP的SQL注入防范措施、SQL注入漏洞检测方法、Bind View实现网通电信互访等内容；第2章新增了利用LDAP实现Windows和Linux平台统一认证的内容；第3~5章修改了一些错别字。第6章增加了Vsftp服务器配置技巧的内容；第七章增加了分析snort规则，以及服务器被入侵后管理员最应做的5件事的内容；第10章增加了安装远程管理工具webmin和phpmyadmin,为ossim增加gnome,分布式部署（vpn连接）、Ossim插件配置管理包括如何创建并启用新插件，收集防火墙日志的方法、手机CheckPoint日志的方法，收集squid日志方法，如何解决日志中包含中文的处理方法，如何通过开源软件对Ossim进行压力测试内容；第11章增加了Iptables过滤实例，包括过滤网站过滤特殊字段等内容，在最后还增加了13章内核安全加固案例和第14章远程连接的数个经典案例。